¿Qué pasa si hay un documento que yo veo en el SII en los recibidos, y han pasado varios días y no esta en FACTO?

Debes revisar en el módulo Facturación >> Recibir DTE, es posible que el documento si esté en Facto pero este pendiente de aprobación, en caso de que sea eso, sólo tendrías que aprobar el DTE para que este pase al libro de compras.