Para ingresar los pagos a alguna caja, se debe abrir el documento (esto puede hacerse desde las búsquedas en el módulo de Cobranza, como desde la función Facturación -> Buscar documentos tributarios), luego dentro del documento, se debe acceder a la pestaña "Pagos", donde se mostrará la lista de cobros y pagos asociados al documento:

En este caso presionando el botón "Pagar", se abrirá una ventana para registrar el pago, donde se ingresa el monto de pago (no necesariamente tiene que ser el total, pueden registrarse pagos parciales), la forma de pago y la caja a la que se le asignará el pago, si el monto en el campo pago es mayor al monto a pagar, se calculará el vuelto, en los campos inferiores puede hacer las anotaciones que sean necesarias si el pago fue efectuado en cheque o si desea registrar comentarios, presionando "Registrar pago", este pago se hará efectivo: