Al momento de recibir un documento en Facto, o de emitir un registro interno aumenta stock (nota de ingreso), en el detalle del documento, podemos revisar cada fila que corresponda a un producto de mercadería (estas tendrán el botón "Ver"):

Si presionamos el botón "Ver", nos mostrará una ventana de correspondencia en bodega, donde para cada item ingresado, podemos cambiar la bodega en particular en que se asignará, seleccionadola en la columna "Ubicación", el botón "Buscar en ubicaciones" nos muestra una ventana que indicará en detalle de cada bodega si es que quisieramos mirar eso antes:

En caso que recibamos un documento, donde el nombre del artículo no calza con una de nuestras mercaderías, esto no es problema, puesto que se puede editar la fila del detalle, asignar la mercadería que corresponda a ese artículo, y en el campo "Concepto", dejar el nombre con que venía originalmente el producto en cuestión.