Si, al momento de registrar la empresa, aparecerá una ventana como la siguente para ingresar sus datos:

Si la empresa es tanto cliente como proveedor, solo debe marcar ambas casillas "Es Cliente" y "Es Proveedor", si ese no fuera el caso, solo marcar la que corresponda. Si no están marcadas las casillas correspondientes, podría tener problemas al querer ingresar el cliente correspondiente en una factura u otro documento.